affyPLM

DOI:10.18129 / B9.bioc.affyPLM

这是发展affyPLM版本;稳定的发布版本,请参阅affyPLM

方法拟合probe-level模型

Bioconductor版本:发展(3.14)

一个包扩展,提高基地affy包的功能。例程,使大量使用编译后的代码的速度。中央的重点是实现方法拟合probe-level模型和工具使用这些模型。基于PLM的质量评估工具。

作者:本Bolstad < bmb bmbolstad.com >

维护人员:本Bolstad < bmb bmbolstad.com >

从内部引用(R,回车引用(“affyPLM”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“affyPLM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“affyPLM”)

PDF R脚本 affyPLM:先进MAplot函数的使用
PDF R脚本 affyPLM:拟合调查水平模型
PDF R脚本 affyPLM:基于模型的质量控制评估Affymetrix GeneChips
PDF R脚本 affyPLM: threestep函数
PDF 参考手册

细节

biocViews 微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,软件
版本 1.69.0
Bioconductor自 BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 16年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 2.6.0),BiocGenerics(> = 0.3.2),affy(> = 1.11.0),Biobase(> = 2.17.8),gcrma统计数据,preprocessCore(> = 1.5.1)
进口 zlibbioc、图形grDevices、方法
链接 preprocessCore
建议 affydata,质量
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/bmbolstad/affyPLM
取决于我 RefPlus
进口我 affylmGUI,arrayQualityMetrics,mimager
建议我 arrayMvout,BiocGenerics,frmaTools,metahdep,钢琴
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 affyPLM_1.69.0.tar.gz
Windows二进制 affyPLM_1.69.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉) affyPLM_1.69.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/affyPLM
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ affyPLM
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/affyPLM/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网