affyPLM

DOI:10.18129 / B9.bioc.affyPLM

这是发展affyPLM版本;稳定的发布版本,请参阅affyPLM。

方法拟合probe-level模型

Bioconductor版本:发展(3.14)

一个包扩展,提高基地affy包的功能。例程,使大量使用编译后的代码的速度。中央的重点是实现方法拟合probe-level模型和工具使用这些模型。基于PLM的质量评估工具。

作者:本Bolstad < bmb bmbolstad.com >

维护人员:本Bolstad < bmb bmbolstad.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“affyPLM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“affyPLM”)

PDF	R脚本	affyPLM:先进MAplot函数的使用
PDF	R脚本	affyPLM:拟合调查水平模型
PDF	R脚本	affyPLM:基于模型的质量控制评估Affymetrix GeneChips
PDF	R脚本	affyPLM: threestep函数
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,软件
版本	1.69.0
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 16年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.6.0),BiocGenerics(> = 0.3.2),affy(> = 1.11.0),Biobase(> = 2.17.8),gcrma统计数据,preprocessCore(> = 1.5.1)
进口	zlibbioc、图形grDevices、方法
链接	preprocessCore
建议	affydata,质量
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/bmbolstad/affyPLM
取决于我	RefPlus
进口我	affylmGUI,arrayQualityMetrics,mimager
建议我	arrayMvout,BiocGenerics,frmaTools,metahdep,钢琴
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	affyPLM_1.69.0.tar.gz
Windows二进制	affyPLM_1.69.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	affyPLM_1.69.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/affyPLM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ affyPLM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/affyPLM/
包下载报告	下载数据