affy

DOI:10.18129 / B9.bioc.affy

这是发展affy版本;稳定的发布版本,请参阅affy。

方法Affymetrix寡核苷酸阵列

Bioconductor版本:发展(3.16)

包包含用于探索性寡核苷酸阵列分析功能。依赖tkWidgets只关注一些方便的功能。“affy”是没有它功能齐全。

作者:拉斐尔·a·伊<拉法在ds.harvard.edu >, Laurent Gautier < lgautier gmail.com >,本杰明·米洛Bolstad < bmb bmbolstad.com >,和< cmiller Crispin米勒picr.man.ac。英国的贡献> Magnus搁浅地<马格努斯。搁浅地在astrazeneca.com >,莱斯利·m·应对< mts.jhu.edu >,罗伯特先生,杰夫绅士,康拉德哈林舞< agilixcorp.com >们聊天,沃尔夫冈•休伯詹姆斯•麦克唐纳< jmacdon u.washington.edu >本杰明·i·鲁宾斯坦克里斯托弗工人cbs.dtu <工人。dk >,约翰

维护人员:拉斐尔·a·伊<拉法在ds.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“affy”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“affy”)

PDF	R脚本	1。底漆
PDF	R脚本	2。内置的处理方法
PDF	R脚本	3所示。自定义处理方法
PDF	R脚本	4所示。导入方法
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,软件
版本	1.75.0
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 17.5年)
许可证	LGPL (> = 2.0)
取决于	R (> = 2.8.0),BiocGenerics(> = 0.1.12),Biobase(> = 2.5.5)
进口	affyio(> = 1.13.3),BiocManager、图形grDevices、方法preprocessCore,统计,跑龙套,zlibbioc
链接	preprocessCore
建议	tkWidgets(> = 1.19.0),affydata,widgetTools
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	affyContam,affydata,affyPLM,AffyRNADegradation,AgiMicroRna,ALLMLL,altcdfenvs,AmpAffyExample,arrayMvout,bgx,bronchialIL13,ccTutorial,ChimpHumanBrainData,慢性淋巴细胞白血病,Cormotif,curatedBladderData,curatedOvarianData,DrugVsDisease,ecoliLeucine,ExiMiR,农场,frmaTools,gcrma,Hiiragi2013,logitT,maPredictDSC,MAQCsubset,maskBAD,mvoutData,panp,prebs,PREDAsampledata,qpcrNorm,RefPlus,Risa,战,SCAN.UPC,SpikeIn,SpikeInSubset,sscore,webbioc,XhybCasneuf
进口我	affycoretools,affyILM,affylmGUI,arrayQualityMetrics,bnem,咖啡馆,ChIPXpress,coexnet,Cormotif,crossmeta,DeSousa2013,Doscheda,农场,ffpe,frma,gcrma,GEOsubmission,Harshlight,HTqPCR,iCheck,光民,makecdfenv,mimager,MSnbase,PECA,钳子,彪马,pvac,rat2302frmavecs,rCGH,Rnits,signatureSearchData,STATegRa,tilingArray,TurboNorm,vsn
建议我	AnnotationForge,ArrayExpress,数组,自治,beadarray,beadarraySNP,BiocGenerics,Biostrings,BufferedMatrixMethods,categoryCompare,ecolitk,雌激素,factDesign,ffpeExampleData,GeneRegionScan,limma,made4,钢琴,PREDA,qcmetrics,runibic,siggenes,TCGAbiolinks
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	affy_1.75.0.tar.gz
Windows二进制	affy_1.75.0.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	affy_1.75.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/affy
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ affy
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/affy/
包下载报告	下载数据