abseqR

DOI:10.18129 / B9.bioc.abseqR

这是发展abseqR版本;稳定的发布版本,请参阅abseqR。

报告和数据分析功能Rep-Seq数据集的抗体库

Bioconductor版本:发展(3.17)

AbSeq是一个全面的生物信息学分析管道的测序数据集产生的抗体库和abseqR是它的一个包。abseqR授权的用户abseqPy (https://github.com/malhamdoosh/abseqPy)策划和报告功能,并允许他们生成交互的HTML报告为方便查看和分享与其他研究人员。此外,abseqR延伸下游abseqPy比较多个曲目分析和执行分析它的输出。

作者:嘉鸿方(cre, aut],代孕妈妈Alhamdoosh (aut)

维护人员:嘉鸿方< jiahfong gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“abseqR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“abseqR”)

PDF	R脚本	介绍abseqR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	MultipleComparison,质量控制,ReportWriting,测序,软件,可视化
版本	1.17.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4年)
许可证	GPL-3 |文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	ggplot2,RColorBrewer,circlize,reshape2,维恩图,plyr,flexdashboard,BiocParallel(> = 1.1.25),png、网格gridExtra,rmarkdown,knitr,素食主义者,ggcorrplot,ggdendro,情节,BiocStyle,stringr、跑龙套、方法grDevices、统计数据、工具,图形
链接
建议	testthat
SystemRequirements	pandoc (> = 1.19.2.1)
增强了
URL	https://github.com/malhamdoosh/abseqR
BugReports	https://github.com/malhamdoosh/abseqR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	abseqR_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	abseqR_1.17.0.zip
macOS二进制(x86_64)	abseqR_1.17.0.tgz
macOS二进制(arm64)	abseqR_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/abseqR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ abseqR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/abseqR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/abseqR/
包下载报告	下载数据