VplotR

DOI:10.18129 / B9.bioc.VplotR

这是发展VplotR版本;稳定的发布版本,请参阅VplotR。

套工具V-plots和计算足迹档案

Bioconductor版本:发展(3.17)

从DNA核酸酶消化和保护的模式如DNAse我,微球菌的核酸酶,和Tn5转座酶可以用来推断的位置相关的蛋白质。这个包包含有用paired-end测序片段密度函数分析模式。VplotR促进代V-plots和足迹档案在单一或聚合感兴趣的基因位点。

作者:雅克Serizay (aut (cre)

维护人员:雅克Serizay < jacquesserizay gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“VplotR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“VplotR”)

HTML	R脚本	VplotR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,对齐,BiologicalQuestion,报道,NucleosomePositioning,测序,软件
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0),GenomicRanges,IRanges,ggplot2
进口	cowplot,magrittr,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,RColorBrewer,动物园,Rsamtools,S4Vectors平行,reshape2、方法、图形、统计数据
链接
建议	GenomicFeaturesTxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene,testthat,covr,knitr,rmarkdown,pkgdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/js2264/VplotR
BugReports	https://github.com/js2264/VplotR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	VplotR_1.9.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VplotR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VplotR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VplotR/
包下载报告	下载数据