“航行者”号

DOI:10.18129 / B9.bioc.Voyager

这是发展Voyager版本;稳定版请参见“航行者”号．

从地理空间到空间组学

Bioconductor版本:开发(3.17)

SpatialFeatureExperiment (SFE)是一个新的S4类，用于处理空间单细胞基因组数据。旅行者包实现了SFE的基本探索性空间数据分析(ESDA)方法。第一个版本支持单变量全局空间ESDA方法，如Moran’s I、Moran’s I的排列测试和相关图。Voyager包还实现了绘制SFE数据和ESDA结果的绘图功能。在以后的版本中，将添加多变量ESDA和单变量局部度量。

作者:Lambda Moses [aut, cre]，凯拉·杰克逊[au]， Lior Pachter [aut, rev]

维护:Lambda Moses

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("Voyager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“旅行者号”)

超文本标记语言	R脚本	功能概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，软件，空间，转录组，可视化
版本	1.1.5
在Bioconductor	BioC 3.16 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	BiocParallel，咆哮，ggnewscale，ggplot2，矩阵、方法、拼接而成，rlang，S4Vectors，尺度，scico，科幻小说，SingleCellExperiment，SpatialExperiment，SpatialFeatureExperiment，spdep统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议	BiocSingular，BiocStyle，cowplot，dbscan，ExperimentHub，hexbin，knitr，rmarkdown，嘘，scattermore，食物，SFEData，sparseMatrixStats，testthat(> = 3.0.0),vdiffr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pachterlab/voyager
BugReports	https://github.com/pachterlab/voyager/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Voyager_1.1.5.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)	Voyager_1.1.7.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Voyager
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Voyager
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Voyager/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Voyager/
软件包下载报告	下载数据