ViSEAGO

DOI:10.18129 / B9.bioc.ViSEAGO

这是发展ViSEAGO版本;稳定的发布版本,请参阅ViSEAGO。

ViSEAGO: Bioconductor包使用基因本体论和语义相似度聚类生物功能

Bioconductor版本:发展(3.17)

ViSEAGO包的主要目的是进行数据挖掘生物功能之间的联系,建立基因参与这项研究。我们发达ViSEAGO R促进功能基因本体论(去)分析复杂的实验设计与多个比较感兴趣的。它允许研究大规模数据集在一起,想象去捕捉生物知识。的首字母缩写代表三大概念分析:可视化、基因本体的语义相似度和富集分析。它提供了访问当前注释,最后从NCBI EntrezGene之一获取、运用或Uniprot数据库几个物种。使用可用的R包和新发展,ViSEAGO扩展经典功能分析去关注功能一致性通过聚合主题密切相关的生物同时研究多个数据集。它提供了合成和详细视图使用交互式功能尊重提供的图结构,确保功能一致性语义相似度。ViSEAGO已成功应用在多个数据集不同物种的各种生物的问题。结果可以很容易地bioinformaticians和生物学家之间共享,提高报告功能,同时保持再现性。

作者:Aurelien Brionne (aut (cre),天使爱美丽Juanchich (aut) Christelle hennequet-antier (aut)

维护人员:Aurelien Brionne < Aurelien。在inrae.fr brionne >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ViSEAGO”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ViSEAGO”)

HTML	R脚本	1:ViSEAGO
HTML	R脚本	2:mouse_bionconductor
HTML	R脚本	3:fgsea_alternative
HTML	R脚本	4:SS_choice
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,聚类,去,GeneSetEnrichment,MultipleComparison,软件,可视化
版本	1.13.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	data.table,AnnotationDbi,AnnotationForge,biomaRt,dendextend,图,DT,dynamicTreeCut,fgsea,GOSemSim,ggplot2,GO.dbgrDevices,的热图,htmlwidgets,igraph、方法、情节,processx,topGO,RColorBrewer,R.utils,尺度统计数据,UpSetR,跑龙套
链接
建议	htmltools,org.Mm.eg.db,limma,Rgraphviz,BiocStyle,knitr,rmarkdown,corrplot,遥控器,BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/ViSEAGO.htmlhttps://forgemia.inra.fr/UMR-BOA/ViSEAGO
BugReports	https://forgemia.inra.fr/UMR-BOA/ViSEAGO/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ViSEAGO_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	ViSEAGO_1.13.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ViSEAGO_1.13.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ViSEAGO_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ViSEAGO
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ViSEAGO
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ViSEAGO/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ViSEAGO/
包下载报告	下载数据