VegaMC

DOI:10.18129 / B9.bioc.VegaMC

这是发展VegaMC版本;稳定的发布版本,请参阅VegaMC。

VegaMC:一个包实现变分分段光滑模型识别司机染色体不平衡的癌症

Bioconductor版本:发展(3.18)

这个包可以检测司机染色体不平衡包括杂合性丢失(LOH)阵列比较基因组杂交(aCGH)数据。VegaMC执行联合细分的数据集,并使用统计框架区分司机和乘客突变。VegaMC已经实现,这样就可以将立即与输出由PennCNV集成工具。此外,VegaMC产生的输出之间的两个网页,允许快速导航区域检测和基因改变。在web页面总结了改变基因,链接到各自的运用基因报告web页面。

作者:美国摩根氏菌属和m .切

维护人员:桑德罗摩根氏菌属< morganellaalx gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“VegaMC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“VegaMC”)

PDF	R脚本	VegaMC
PDF		参考手册

细节

biocViews	CopyNumberVariation,软件,aCGH
版本	3.39.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(11.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 2.10.0),biomaRt,Biobase
进口	方法
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	VegaMC_3.39.0.tar.gz
Windows二进制	VegaMC_3.39.0.zip
macOS二进制(x86_64)	VegaMC_3.39.0.tgz
macOS二进制(arm64)	VegaMC_3.39.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VegaMC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VegaMC
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/VegaMC/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VegaMC/
包下载报告	下载数据