VariantExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantExperiment

这是发展VariantExperiment版本;稳定版请参见VariantExperiment．

一个用于VCF/GDS数据和GDS后端的rangedsummarizeexperiment容器

Bioconductor版本:开发(3.17)

VariantExperiment是一个Bioconductor包，用于将VCF/GDS格式的数据保存到rangedsummarizeexperiment对象中。高通量遗传/基因组数据保存在GDSArray对象中。特征/样本标注数据以DelayedDataFrame格式保存，每列为一维GDSArray。分析数据和注释数据的磁盘上表示实现了磁盘上的读取和处理，并显著节省内存空间。rangedsummarizeexperiment数据格式的界面，可以通过R和Bioconductor中常见的summarizeexperiment隐喻，轻松和通用地操作高通量遗传/基因组数据。

作者:刘谦[aut, cre]， Hervé Pagès [aut]， Martin Morgan [aut]

维护者:刘谦<钱。roswellpark.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("VariantExperiment")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“VariantExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	VariantExperiment-class
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，DataRepresentation，GenomeAnnotation，GenotypingArray，基础设施，测序，软件
版本	1.13.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6.0)，S4Vectors(> = 0.21.24),SummarizedExperiment(> = 1.13.0),GenomicRanges
进口	GDSArray(> = 1.11.1),DelayedDataFrame(>= 1.6.0)，工具，utils，统计，方法，gdsfmt，SNPRelate，SeqArray，SeqVarTools，DelayedArray，Biostrings，IRanges
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，减价
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Bioconductor/VariantExperiment
BugReports	https://github.com/Bioconductor/VariantExperiment/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	VariantExperiment_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	VariantExperiment_1.13.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	VariantExperiment_1.13.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	VariantExperiment_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/VariantExperiment
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/VariantExperiment/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VariantExperiment/
软件包下载报告	下载数据