VariantAnnotation

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantAnnotation

这是发展VariantAnnotation的版本;稳定版请参见VariantAnnotation．

遗传变异的注释

Bioconductor版本:开发(3.16)

注释变体，计算氨基酸编码变化，预测编码结果。

作者:Bioconductor Package Maintainer [aut, cre]， Valerie Oberchain [aut]， Martin Morgan [aut]， Michael Lawrence [aut]， Stephanie Gogarten [ctb]

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("VariantAnnotation")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“VariantAnnotation”)

PDF	R脚本	1.VariantAnnotation介绍
PDF	R脚本	2.使用filterVcf从VCF文件中选择变量
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		读取VCF数据

细节

biocViews	注释，DataImport，遗传学，单核苷酸多态性，测序，软件，VariantAnnotation
版本	1.43.2
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(10.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.0.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.37.0),MatrixGenerics，GenomeInfoDb(> = 1.15.2),GenomicRanges(> = 1.41.5),SummarizedExperiment(> = 1.19.5),Rsamtools(> = 1.99.0)
进口	跑龙套,DBI，zlibbioc，Biobase，S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),XVector(> = 0.29.2),Biostrings(> = 2.57.2),AnnotationDbi(> = 1.27.9),rtracklayer(> = 1.39.7),BSgenome(> = 1.47.3),GenomicFeatures(> = 1.31.3)
链接	S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings，Rhtslib(> = 1.99.3)
建议	RUnit，AnnotationHub，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SIFT.Hsapiens.dbSNP132，SIFT.Hsapiens.dbSNP137，PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131，snpStats，ggplot2，BiocStyle
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
全靠我	注释，CNVrd2，deepSNV，ensemblVEP，genotypeeval，HelloRanges，HTSeqGenie，myvariant，PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131，PureCN，R453Plus1Toolbox，RareVariantVis，seqCAT，测序，SIFT.Hsapiens.dbSNP132，SIFT.Hsapiens.dbSNP137，签名者，SomaticSignatures，StructuralVariantAnnotation，svaNUMT，VariantFiltering，变体，VariantTools，VariantToolsData
进口我	AllelicImbalance，APAlyzer，appreci8R，BadRegionFinder，BBCAnalyzer，biovizBase，biscuiteer，CNVfilteR，CopyNumberPlots，COSMIC.67，customProDB，DAMEfinder，decompTumor2Sig，DominoEffect，epialleleR，fcScan，GA4GHclient，genbankr，GenomicFiles，GenVisR，ggbio，gmapR，gwascat，gwasurvivr，icetea，igvR，karyoploteR，ldblock，lineagespot，MADSEQ，MMAPPR2，motifbreakR，MungeSumstats，musicatk，MutationalPatterns，ProteoDisco，scoreInvHap，SigsPack，SNPhood，svaRetro，TitanCNA，tLOH，TVTB，Uniquorn，VCFArray，XCIR，YAPSA
建议我	AnnotationHub，AshkenazimSonChr21，BiocParallel，cellbaseR，CNVgears，CrispRVariants，GenomicDataCommons，GenomicRanges，GenomicScores，GeuvadisTranscriptExpr，GWASTools，omicsPrint，podkat，旅游房车，SeqArray，飞溅，supersigs，systemPipeR，trackViewer，三人组，vtpnet
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	VariantAnnotation_1.43.2.tar.gz
Windows二进制	VariantAnnotation_1.43.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	VariantAnnotation_1.43.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantAnnotation
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/VariantAnnotation
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VariantAnnotation/
软件包下载报告	下载数据