左页

DOI:10.18129 / B9.bioc.VERSO

这是发展版本的反面;稳定的发布版本,请参阅左页。

病毒进化重建(反面)

Bioconductor版本:发展(3.18)

突变,迅速积聚在病毒基因组大流行期间可以用来追踪病毒的进化,因此,解开病毒感染网络。到这种地步时,病毒测序样品可以用来估计模型从基因流行病学和服务,例如,估计未被发现的感染者的比例揭开神秘的传输,以及预测可能趋势的感染,住院,死亡,恢复的人。封底是一个算法框架,过程变异病毒样本的资料产生病毒进化的系统模型。系统的方法解决了布尔矩阵分解问题约束,通过最大化对数似函数。左页包括两个独立的和后续步骤;在这个包中我们提供了一个R封底步骤1的实现。

作者:丹尼尔Ramazzotti (aut),Fabrizio Angaroni (aut),大卫Maspero (cre, aut),亚历克斯Graudenzi (aut),卢卡·德·佐(aut)

维护人员:大卫。Maspero < d。在campus.unimib.it maspero >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“反面”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	介绍
HTML	R脚本	运行的反面
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,测序,软件,SomaticMutation
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	跑龙套,数据。树,猿,平行,Rfast,统计数据
链接
建议	BiocGenerics,BiocStyle、testthat knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BIMIB-DISCo/VERSO
BugReports	https://github.com/BIMIB-DISCo/VERSO
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	VERSO_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	VERSO_1.11.0.zip
macOS二进制(x86_64)	VERSO_1.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)	VERSO_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VERSO
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/反面
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/VERSO/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VERSO/
包下载报告	下载数据