TreeSummarizedExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.TreeSummarizedExperiment

这是发展TreeSummarizedExperiment版本;稳定的发布版本,请参阅TreeSummarizedExperiment。

TreeSummarizedExperiment: S4类数据与树结构

Bioconductor版本:发展(3.16)

TreeSummarizedExperiment SingleCellExperiment扩展到包括分层信息的行或列矩形数据。

作者:Ruizhu黄(aut (cre)Felix通用恩斯特(施)

维护人员:黄Ruizhu < ruizhuRH gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“TreeSummarizedExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TreeSummarizedExperiment”)

HTML	R脚本	1。介绍TreeSE
HTML	R脚本	2。结合的传染性海绵状脑病
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataRepresentation,基础设施,软件
版本	2.5.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.6.0),SingleCellExperiment,S4Vectors(> = 0.23.18),Biostrings
进口	方法,BiocGenerics跑龙套,猿,rlang,dplyr,SummarizedExperiment,BiocParallel,IRanges,treeio
链接
建议	ggtree,ggplot2,BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	curatedMetagenomicData,ExperimentSubset,米娅,miaSim,miaViz,microbiomeDataSets
进口我	CBEA
建议我	philr
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TreeSummarizedExperiment_2.5.0.tar.gz
Windows二进制	TreeSummarizedExperiment_2.5.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	TreeSummarizedExperiment_2.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TreeSummarizedExperiment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TreeSummarizedExperiment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TreeSummarizedExperiment/
包下载报告	下载数据