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- Bioconductor 3.17
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- TitanCNA(开发版)
TitanCNA
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DOI:10.18129 / B9.bioc.TitanCNA
这是发展TitanCNA版本;稳定的发布版本,请参阅TitanCNA。
Subclonal拷贝数和LOH预测肿瘤的全基因组测序
Bioconductor版本:发展(3.17)
隐马尔科夫模型部分和预测区域subclonal拷贝数改变(CNA)和杂合性丢失(LOH),并估计在肿瘤细胞克隆集群患病率全基因组测序数据。
作者:加文·哈
维护人员:Gavin公顷< gha fredhutch.org >
从内部引用(R,回车引用(“TitanCNA”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“TitanCNA”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“TitanCNA”)
| R脚本 | TitanCNA.pdf | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | CopyNumberVariation,DNASeq,ExomeSeq,遗传学,GenomicVariation,HiddenMarkovModel,ImmunoOncology,测序,软件,StatisticalMethod,WholeGenome |
| 版本 | 1.37.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.14 (r - 3.1)(8.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.5.1) |
| 进口 | BiocGenerics(> = 0.31.6),IRanges(> = 2.6.1),GenomicRanges(> = 1.24.3),VariantAnnotation(> = 1.18.7),foreach(> = 3),GenomeInfoDb(> = 1.8.7),data.table(> = 1.10.4),dplyr(> = 0.5.0) |
| 链接 | |
| 建议 | |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/gavinha/TitanCNA |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | TitanCNA_1.37.0.tar.gz |
| Windows二进制 | TitanCNA_1.37.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | TitanCNA_1.37.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | TitanCNA_1.37.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TitanCNA |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TitanCNA |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/TitanCNA/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TitanCNA/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
