TarSeqQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.TarSeqQC

这是发展TarSeqQC版本;稳定的发布版本,请参阅TarSeqQC。

有针对性的测序实验质量控制

Bioconductor版本:发展(3.14)

包允许表示r .这是基于目前的有针对性的实验方案和合并功能做一个质量控制这类实验和测序的快速勘探地区。生成一个xlsx文件作为输出。

作者:加芙美利奴,克里斯托瓦尔弗雷斯诺,Yanina Murua,安德里亚Llera和埃尔默费尔南德斯

维护人员:加芙美利奴<美利奴。在gmail.com gabriela33 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“TarSeqQC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TarSeqQC”)

PDF	R脚本	TarSeqQC:有针对性的测序实验质量控制
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,质量控制,测序,软件,TargetedResequencing,可视化
版本	1.23.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(5.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.5.1)、方法GenomicRanges,Rsamtools(> = 1.9.2),ggplot2,plyr,openxlsx
进口	统计,grDevices跑龙套,S4Vectors,IRanges,BiocGenerics,reshape2,GenomeInfoDb,BiocParallel,Biostrings,cowplot、图形、GenomicAlignments,Hmisc
链接
建议	BiocManager,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bdmg.com.ar
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TarSeqQC_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	TarSeqQC_1.23.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	TarSeqQC_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TarSeqQC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TarSeqQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TarSeqQC/
包下载报告	下载数据