TVTB

DOI:10.18129 / B9.bioc.TVTB

这是发展TVTB版本;稳定的发布版本,请参阅TVTB。

TVTB: VCF工具箱

Bioconductor版本:发展(3.17)

包过滤提供了S4类和方法,总结和想象遗传变异VCF中存储的数据文件。特别是,包扩展了FilterRules类(S4Vectors包)来定义新闻类的过滤规则适用于各种插槽的VCF对象。功能集成,并演示了在一个闪亮的一点,闪亮的变体Explorer (tSVE)。

作者:凯文Rue-Albrecht (aut (cre)

维护人员:凯文Rue-Albrecht < kevinrue67 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“TVTB”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	对齐,报道,DNASeq,DataImport,DataRepresentation,GUI,GeneticVariability,遗传学,GenomicVariation,MultipleComparison,SequenceMatching,测序,软件,VariantAnnotation,可视化,WholeGenome
版本	1.25.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.4)、方法、效用,统计数据
进口	AnnotationFilter,BiocGenerics(> = 0.25.1),BiocParallel,Biostrings,ensembldb,ensemblVEP,GenomeInfoDb,GenomicRanges,GGally,ggplot2,Gviz,limma,IRanges(> = 2.21.6),reshape2,Rsamtools,S4Vectors(> = 0.25.14),SummarizedExperiment,VariantAnnotation(> = 1.19.9)
链接
建议	EnsDb.Hsapiens。v75 (> = 0.99.7),闪亮的(> = 0.13.2.9005),DT(> = 0.1.67),rtracklayer,BiocStyle(> = 2.5.19),knitr(> = 1.12),rmarkdown,testthat,covr,老鸨
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kevinrue/TVTB
BugReports	https://github.com/kevinrue/TVTB/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TVTB
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TVTB
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TVTB/
包下载报告	下载数据