TSCAN

DOI:10.18129 / B9.bioc.TSCAN

这是发展TSCAN版本;稳定的发布版本,请参阅TSCAN。

单细胞分析工具

Bioconductor版本:发展(3.16)

提供执行轨迹分析方法基于最小生成树由集群重心。计算pseudotemporal细胞排列在每个集群映射细胞(或新细胞)在树上最接近边缘。使用线性模型来识别差异表达基因在每个路径树。几个策划和交互式可视化功能也实现。

作者:霁(aut (cre)至诚Hongkai霁(aut),亚伦Lun(施)

维护人员:至诚霁< zji4 jhu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“TSCAN”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“TSCAN”)

PDF	R脚本	TSCAN:单细胞分析的工具
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GUI,GeneExpression,软件,可视化
版本	1.35.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	SingleCellExperiment,TrajectoryUtils
进口	ggplot2,闪亮的,plyr、网格fastICA,igraph,combinat,mgcv,mclust,gplots、方法、统计数据矩阵,SummarizedExperiment,DelayedArray,S4Vectors
链接
建议	knitr,testthat,天窗,食物,metapod,BiocParallel,BiocNeighbors,后面;
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	OSCA。先进,OSCA.multisample
进口我	ctgGEM,盛宴,singleCellTK
建议我	调味品
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TSCAN_1.35.0.tar.gz
Windows二进制	TSCAN_1.35.0.zip
macOS二进制(x86_64)	TSCAN_1.35.0.tgz
macOS二进制(arm64)	TSCAN_1.35.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TSCAN
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TSCAN
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TSCAN/
包下载报告	下载数据