TRONCO

DOI:10.18129 / B9.bioc.TRONCO

这是发展TRONCO版本;稳定的发布版本,请参阅TRONCO。

为平移肿瘤学TRONCO, R包

Bioconductor版本:发展(3.17)

TRONCO(平移肿瘤学)R包收集算法来推断发展模型通过Suppes-Bayes因果网络的方法,从整体的肿瘤(横断面样本),在个别病人(多区或单细胞样本)。包提供了算法过程的并行实现二进制矩阵中每一行代表一个肿瘤样本,每一列单核苷酸或结构变体推动发展;0/1值模型缺乏/变更的样本。该工具可以从纯进口数据,加器或GISTIC格式文件,可以获取cBioPortal的癌症基因组学。提供的数据操作和可视化功能,等函数导入/导出数据到其他的生物信息学工具,e。g,集群或互斥的变化检测。推断模型可以直观的通过引导和交叉验证和测试的信心。TRONCO用于癌症推理的实现管道(野餐)。

作者:马可Antoniotti[所有],朱利奥Caravagna (aut (cre),卢卡·德·佐(aut),亚历克斯Graudenzi (aut),吉安卡洛毛里[所有],芽Mishra[所有],丹尼尔Ramazzotti (aut)

维修工:卢卡·德·佐< luca.desano gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“TRONCO”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF	R脚本	为平移肿瘤学R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,BiomedicalInformatics,聚类,DataImport,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,网络,NetworkInference,SingleCell,软件,SomaticMutation
版本	2.31.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	bnlearn,Rgraphviz,gtools平行,foreach,doParallel,迭代器,RColorBrewer,circlize,igraph、网格gridExtra,xtable,gtable,尺度,R.matlabgrDevices图形,统计,跑龙套,方法
链接
建议	BiocGenerics,BiocStyle,testthat,knitr,rWikiPathways
SystemRequirements
增强了
URL	https://sites.google.com/site/troncopackage/
BugReports	https://github.com/BIMIB-DISCo/TRONCO
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TRONCO_2.31.0.tar.gz
Windows二进制	TRONCO_2.31.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	TRONCO_2.31.0.tgz
macOS二进制(arm64)	TRONCO_2.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TRONCO
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TRONCO
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TRONCO/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TRONCO/
包下载报告	下载数据