TREG

DOI:10.18129 / B9.bioc.TREG

这是发展TREG版本;稳定的发布版本,请参阅TREG。

工具寻找总RNA表达基因在单一核RNA-seq数据

Bioconductor版本:发展(3.18)

RNA丰度和细胞大小参数可以改善RNA-seq反褶积算法更准确地估计细胞类型比例的不同细胞类型的转录活动的水平。总RNA表达基因(TREG)可以促进估计总RNA含量使用单分子荧光原位杂交(smFISH)。我们开发了一个数据驱动的方法使用的表达式不变性在后期找到候选人亚人类大脑单一RNA-seq核。这个R包实现了从snRNA-seq数据识别候选亚群的方法。

作者:路易斯Huuki-Myers (aut (cre)列奥纳多·达·芬奇Collado-Torres(施)

维护人员:路易斯Huuki-Myers < lahuuki gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“TREG”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TREG”)

HTML	R脚本	如何找到总RNA表达的基因(亚)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录,转录组
版本	1.5.1
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2),SummarizedExperiment
进口	矩阵,purrr rafalib
链接
建议	BiocFileCache,BiocStyle,ggplot2 dplyr knitr、pheatmap sessioninfo, RefManageR, rmarkdown, testthat(> = 3.0.0),宠物猫,tidyr,SingleCellExperiment
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/LieberInstitute/TREGhttp://research.libd.org/TREG/
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/TREG
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TREG_1.5.1.tar.gz
Windows二进制	TREG_1.5.1.zip
macOS二进制(x86_64)	TREG_1.5.1.tgz
macOS二进制(arm64)	TREG_1.5.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TREG
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TREG
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TREG/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TREG/
包下载报告	下载数据