烤面包

DOI:10.18129 / B9.bioc.TOAST

这是发展TOAST版本;稳定版请参见烤面包．

异质组织分析工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

该软件包致力于分析复杂组织的高通量数据(例如基因表达微阵列，DNA甲基化微阵列，RNA-seq)。目前的功能包括1。检测细胞类型特异性或跨细胞类型的差异信号3.基于树的微分分析改进了无参考反褶积中的变量选择。基于先验知识的部分无参考反褶积。

作者:李子怡、张薇薇、陈陆晓、吴浩

维护者:李子怡

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("TOAST")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“土司”)

超文本标记语言	R脚本	TOAST用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，表观遗传学，GeneExpression，GeneTarget，MethylationArray，微阵列，软件
版本	1.13.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.6)，EpiDISH，limma，nnls，quadprog
进口	统计数据、方法SummarizedExperiment，corpcor，doParallel平行,ggplot2，tidyr，GGally
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，gplots，matrixStats，矩阵
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ziyili20/TOAST/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TOAST_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	TOAST_1.13.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	TOAST_1.13.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	TOAST_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TOAST
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TOAST
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TOAST/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TOAST/
软件包下载报告	下载数据