TFEA。芯片

DOI:10.18129 / B9.bioc.TFEA.ChIP

这是发展TFEA.ChIP版本;稳定版请参见TFEA。芯片．

分析转录因子富集

Bioconductor版本:开发(3.17)

利用ChIP-Seq实验数据分析基因集中转录因子富集的包。

作者:Laura Puente Santamaría, Luis del Peso

维护者:Laura Puente Santamaría

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("TFEA.ChIP")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TFEA.ChIP”)

超文本标记语言	R脚本	TFEA。芯片: a tool kit for transcription factor enrichment
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，转录，转录组
版本	1.19.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)
进口	GenomicRanges，IRanges，biomaRt，GenomicFeaturesgrDevices,dplyr，统计，utils，R.utils、方法、org.Hs.eg.db
链接
建议	knitr，rmarkdown，S4Vectors，情节，尺度，tidyr，ggplot2，DESeq2，BiocGenerics，ggrepel，rcompanion，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TFEA.ChIP_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	TFEA.ChIP_1.19.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	TFEA.ChIP_1.19.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	TFEA.ChIP_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFEA.ChIP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TFEA.ChIP
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TFEA.ChIP/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TFEA.ChIP/
软件包下载报告	下载数据