TFBSTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.TFBSTools

这是发展TFBSTools版本;稳定的发布版本,请参阅TFBSTools。

软件包的转录因子结合位点(TFBS)分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

TFBSTools包为转录因子结合位点的分析和操作。它包括矩阵之间的转换位置频率Matirx (PFM),位置重量Matirx (PWM)和信息内容矩阵(ICM)。它还可以从序列扫描假定的TFBS /对齐,查询JASPAR数据库和新创主题发现软件提供了一个包装器。

作者:通用电气Tan (aut (cre)

维护人员:通用电气Tan < ge_tan live.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“TFBSTools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TFBSTools”)

HTML	R脚本	转录因子结合位点(TFBS)分析“TFBSTools”包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,GeneRegulation,MotifAnnotation,MotifDiscovery,软件,转录
版本	1.37.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(9.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.2.2)
进口	Biobase(> = 2.28),Biostrings(> = 2.36.4),BiocGenerics(> = 0.14.0),BiocParallel(> = 1.2.21),BSgenome(> = 1.36.3),caTools(> = 1.17.1),cn(> = 1.4.0),DirichletMultinomial(> = 1.10.0),GenomeInfoDb(> = 1.6.1),GenomicRanges(> = 1.20.6),gtools(> = 3.5.0)、网格IRanges(> = 2.2.7)、方法DBI(> = 0.6),RSQLite(> = 1.0.0),rtracklayer(> = 1.28.10),seqLogo(> = 1.34.0),S4Vectors(> = 0.9.25),TFMPvalue(> = 0.0.5),XML(> = 3.98 - -1.3),XVector(> = 0.8.0)平行
链接
建议	BiocStyle(> = 1.7.7),JASPAR2014(> = 1.4.0),knitr(> = 1.11),testthat,JASPAR2016(> = 1.0.0),JASPAR2018(> = 1.0.0),rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ge11232002/TFBSTools
BugReports	https://github.com/ge11232002/TFBSTools/issues
取决于我
进口我	ATACCoGAPS,ATACseqTFEA,chromVAR,enrichTF,esATAC,MatrixRider,蒙娜丽莎,motifmatchr,motifStack,primirTSS,spatzie
建议我	CAGEWorkflow,enhancerHomologSearch,JASPAR2018,JASPAR2020,JASPAR2022,MAGAR,MethReg,网页排名,universalmotif
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TFBSTools_1.37.0.tar.gz
Windows二进制	TFBSTools_1.37.0.zip
macOS二进制(x86_64)	TFBSTools_1.37.0.tgz
macOS二进制(arm64)	TFBSTools_1.37.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFBSTools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TFBSTools
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TFBSTools/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TFBSTools/
包下载报告	下载数据