TEKRABber

DOI:10.18129 / B9.bioc.TEKRABber

这是发展TEKRABber版本;稳定的发布版本,请参阅TEKRABber。

R包估计直接同源的相关性和转座的两个物种之间的元素

Bioconductor版本:发展(3.18)

TEKRABber是提供一个用户友好的管道比较直接同源和转位因子(te)两个物种之间。它认为两个物种之间的orthology信心BioMart规范化表达计数和检测差异表达直接同源/测试工程师。然后,提供一对一的关联分析,期望的直接同源和测试工程师。还有一个应用功能首先了解的结果。用户可以自己准备直接同源/ te RNA-seq表达数据偏好TEKRABber运行后,数据结构中提到的小品文。

作者:陈Yao-Chung (aut (cre),卡佳Nowick (aut)

维护人员:陈Yao-Chung < Yao-Chung。陈在fu-berlin.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“TEKRABber”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TEKRABber”)

HTML	R脚本	TEKRABber
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,归一化,软件,转录
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.1)
进口	apeglm,biomaRtdplyr,DESeq2、magrittr Rcpp (> = 1.0.7),SCBN,SummarizedExperiment统计,跑龙套
链接	Rcpp
建议	BiocStyleggpubr rmarkdown,闪亮,knitr testthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ferygood/TEKRABber
BugReports	https://github.com/ferygood/TEKRABber/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TEKRABber_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	TEKRABber_1.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)	TEKRABber_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TEKRABber
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TEKRABber
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TEKRABber/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TEKRABber/
包下载报告	下载数据