TCGAbiolinksGUI

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCGAbiolinksGUI

这是发展TCGAbiolinksGUI版本;稳定版请参见TCGAbiolinksGUI．

TCGAbiolinksGUI:分析癌症分子和临床数据的图形用户界面

Bioconductor版本:开发(3.16)

TCGAbiolinksGUI:分析癌症分子和临床数据的图形用户界面。GUI的演示版本可在https://tcgabiolinksgui.shinyapps.io/tcgabiolinks/中找到。”

作者:Tiago Chedraoui Silva ， Antonio Colaprico < Antonio。Colaprico在ulb.ac。是>，Catharina Olsen ， Michele Ceccarelli, Gianluca Bontempi ， Benjamin P. Berman ， Houtan Noushmehr

维护者:Tiago C. Silva

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("TCGAbiolinksGUI")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TCGAbiolinksGUI”)

超文本标记语言	R脚本	1.简介
超文本标记语言	R脚本	2.数据菜单
超文本标记语言		3.分析菜单
超文本标记语言		4.综合分析菜单
超文本标记语言		5.案例研究
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DNASeq，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，GUI，GeneExpression，GeneRegulation，遗传学，MethylationArray，网络，通路，测序，软件，StatisticalMethod
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.3.1)，shinydashboard(> = 0.5.3),TCGAbiolinksGUI.data
进口	闪亮的(> = 0.14.1),下载器(>= 0.4)，网格，DT，情节，readr，maftools，stringr(> = 1.1.0版),SummarizedExperiment，ggrepel，data.table，脱字符号，shinyFiles(> = 0.6.2),ggplot2(> =魅惑,pathview，埃尔默(> = 2.0.0),clusterProfiler平行,TCGAbiolinks(> = 2.5.5),shinyjs(> = 0.7),colourpicker，芝麻，shinyBS(> = 0.61)
链接
建议	testthat，dplyr，knitr，roxygen2，devtools，房车，xml2，BiocStyle，动画，rmarkdown，老鸨
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TCGAbiolinksGUI_1.23.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGAbiolinksGUI
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TCGAbiolinksGUI
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TCGAbiolinksGUI/
软件包下载报告	下载数据