- 家
- Bioconducts 3.14
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- TcGabiolinks（开发版）
tcgabiolinks.
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DOI：10.18129 / b9.bioc.tcgabiolinks.
这是发展tcgabiolinks的版本;对于稳定的版本版本，请参阅tcgabiolinks.。
TcGabiolinks：具有GDC数据的整合分析的R / Biocumond封装
Bioconducts版本：开发（3.14）
TcGabiolinks的目的是：i）促进GDC开放访问数据检索，ii）使用适当的预处理策略准备数据，III）提供不同的标准分析和IV）来容易再现早期的研究结果。更详细地，该包装提供了多种用于分析的方法（例如，差异表达分析，鉴定差异甲基化区域）和用于可视化的方法（例如，生存地块，火山图，星形图），以便容易地开发完整的分析管道。
作者：Antonio Colaprico，Tiago Chedraoui Silva，Catharina Olsen，Luciano Garofano，Davide Garolini，Claudia Cava，Thais Sabedot，Tathiane Malta，Stefano M. Pagnotta，Isabella Cechnioni，Michele Ceccarelli，Gianluca Bontempi，Houtan Noushmehr
维护者：Tiago Chedraoui Silva
引文（从R内，输入引文（“TcGabiolinks”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：
if（！percenameSpace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）＃以下初始化buoc devel biocmanager ::安装（版本='devel'）biocmanager ::安装（“tcgabiolinks”）
对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。
文件
要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：
BROWSEVIGNETTES（“TCGABIOLINKS”）
| HTML. | r script. | 1.介绍 |
| HTML. | r script. | 10.分类器 |
| HTML. | r script. | 10. Tcgabiolinks_extension. |
| HTML. | r script. | 2.搜索GDC数据库 |
| HTML. | r script. | 3.下载和准备文件进行分析 |
| HTML. | r script. | 4.临床数据 |
| HTML. | r script. | 5.突变数据 |
| HTML. | r script. | 6. TCGA分子亚型的汇编 |
| HTML. | r script. | 7.分析和可视化TCGA数据 |
| HTML. | r script. | 8.案例研究 |
| HTML. | r script. | 9.图形用户界面（GUI） |
| PDF. | 参考手册 | |
| 文本 | 消息 |
细节
| Biocviews. | 德甲基化那不同的亚兴那差分甲基化那基因表达那Generegulation.那甲基化阵列那网络那途径那测序那软件那生存 |
| 版本 | 2.21.0 |
| 在生物导体中以来 | BIOC 3.2（R-3.2）（5.5岁） |
| 执照 | GPL（> = 3） |
| 依靠 | r（> = 4.0） |
| 进口 | 下载（> = 0.4），Grdevices，生物雕那dplyr.，图形，娇媚那Genomicranges.那XML.（> = 3.98.0），data.table.那雅思石（> = 1.0.0），普利尔那kn， 方法，ggplot2.那stringr.（> = 1.0.0），绞喉那累（> = 0.3.0），统计数据，实用，S4Vectors.那R.utils.那概括分析（> = 1.4.0），tcgabiolinksgui.data，读书， 工具，Tidyr.那邮风那XML2.那httr.（> = 1.2.1） |
| 链接到 | |
| 建议 | JPEG.那PNG.那生物焦那RAMAMAMDOW.那devtools.那母服从那Parmigene.那C3Net.那矿物质那DNET.那BioBase.那敬服那testthat.那芝麻那Pathview.那ClusterProfiler.那ComplexHeatMap.那盘旋那共识那iGraph.那suprahex.那林马那edger.那SVA.那edaseq.那SURVMINER.那Genefilter.那格拉底那生存那多达齐全， 平行，GGRepel.（> = 0.6.3），秤， 网格 |
| 系统要求 | |
| 加强 | |
| URL. | https://github.com/bioinformaticsfmrp/tcgabiolinks. |
| Bugreports. | https://github.com/bioinformaticsfmrp/tcgabiolinks/issues. |
| 取决于我 | MAFDASH. |
| 进口我 | 埃尔默那米尔拉布那moonlightr.那蜘蛛侠那tcgabiolinksgui. |
| 建议我 | 重新发现 |
| 链接给我 | |
| 建立报告 |
包档案包
跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。
| 源包 | tcgabiolinks_2.21.0.tar.gz. |
| Windows二进制文件 | |
| Macos 10.13（高塞拉） | tcgabiolinks_2.21.0.tgz. |
| 源存储库 | git clone https://git.biocumon.org/packages/tcgabiolinks. |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.biocondion.org：包/ tcgabiolinks |
| 包短网址 | https://biocumon.org/packages/tcgabiolinks/ |
| 包裹下载报告 | 下载统计信息 |
