TCC.

DOI：10.18129 / b9.bioc.tcc.

这是发展版本的TCC;对于稳定的版本版本，请参阅TCC.。

TCC：具有稳健归一化策略的标签计数数据的差异表达分析

Bioconducts版本：开发（3.14）

该包提供了一系列功能，用于使用鲁棒标准化策略（称为Deges）从RNA-SEQ计数数据执行差异表达分析。在数据标准化之前，应去除潜在的差异表达基因或转录物（DEGS），以获得良好的基因列表，其中真正的DEG是排名排名的，并且非降低是底部排名。这可以通过执行多步规范化策略（称为DEG消除策略）来完成。TCC的一个主要特征是通过使用函数的组合来提供多种计数数据（两个有或没有复制，多组/多因素等）的鲁棒标准化方法，依赖于函数组合包裹。

作者：建强太阳，Tomoaki Nishiyama，Kentaro Shimizu和Koji Kadota

维护者：建强太阳<武根在Bi.a.u-Tokyo.ac.jp>，Tomoaki Nishiyama

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！quancamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）＃下面初始化Buoc devel biocmanager :: Install的使用（版本='devel'）biocmanager ::安装（“tcc”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“TCC”）

PDF.	r script.	TCC.
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	不同的亚兴那免疫学那rnaseq.那测序那软件
版本	1.33.0
在生物导体中以来	BIOC 2.13（R-3.0）（7.5岁）
执照	GPL-2
依靠	R（> = 3.0），方法，deseq2.那edger.那贝凯那鹏
进口
链接到
建议	运行那生物根系
系统要求
加强	雪
URL.
取决于我
进口我
建议我	Compcoder.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	tcc_1.33.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）	tcc_1.33.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/tcc.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ TCC
包短网址	https://biocumon.org/packages/tcc/
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