TBSignatureProfiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.TBSignatureProfiler

这是发展TBSignatureProfiler的版本;稳定发布版本请参见TBSignatureProfiler。

利用TB通路特征分析RNA-Seq数据

Bioconductor版本:开发(3.17)

结核病进展、结核病和其他结核病状态的基因特征先前已得到验证和发表。这个包聚合已知的签名，并提供计算工具来记录它们在其他数据集上的使用情况。TBSignatureProfiler可以轻松地使用这些签名来分析RNA-Seq数据，并包括常见的签名分析工具，包括ASSIGN, GSVA和ssGSEA。一些基因签名的原始模型也可用。一个闪亮的应用程序除了提供详细的命令行访问功能外，还提供了一些功能。

作者:奥布里·r·奥多姆-马贝[Aubrey R. Odom-Mabey]，大卫·詹金斯[aut, org]，王旭涛[au]，赵悦[c]，《基督教之爱》，w·埃文·约翰逊[外]

维护者:Aubrey R. Odom-Mabey

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.3")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #下面初始化BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("TBSignatureProfiler")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“TBSignatureProfiler”)

超文本标记语言	R脚本	TBSignatureProfiler简介
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，软件
版本	1.11.0
在Bioconductor中	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	分配(> = 1.23.1),BiocGenerics，BiocParallel，ComplexHeatmap，DESeq2，DT，刨边机，gdata，ggplot2，GSVA，magrittr、方法、RColorBrewer，reshape2，rlang，ROCit，S4Vectors，singscore统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议	BiocStyle，脱字符号，circlize，类，covr，dplyr，e1071，glmnet，HGNChelper，嫁祸于，knitr，lintr，质量，plyr，pROC，randomForest，rmarkdown，闪亮的，拼写，股东价值分析，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/compbiomed/TBSignatureProfilerhttps://compbiomed.github.io/TBSignatureProfiler-docs/
BugReports	https://github.com/compbiomed/TBSignatureProfiler/issues
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	TBSignatureProfiler_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	TBSignatureProfiler_1.11.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	TBSignatureProfiler_1.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)	TBSignatureProfiler_1.11.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/TBSignatureProfiler
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/TBSignatureProfiler
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TBSignatureProfiler/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TBSignatureProfiler/
软件包下载报告	下载数据