StructuralVariantAnnotation

DOI:10.18129 / B9.bioc.StructuralVariantAnnotation

这是发展StructuralVariantAnnotation的版本;稳定版请参见StructuralVariantAnnotation．

用于结构变量的变量注释

Bioconductor版本:开发(3.17)

StructuralVariantAnnotation为分析Bioconductor生态系统中的结构变体提供了一个框架。这个包包含有用的帮助函数，用于处理VCF格式的结构变量。这些包包含用于解析来自许多流行调用者的vcf的函数，以及用于处理涉及两个编码为GRanges对象的单独基因组位点的断点的函数。

作者:Daniel Cameron [aut, cre]，毁东[aut]

维护者:Daniel Cameron < Daniel .l。卡梅伦在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("StructuralVariantAnnotation")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	注释，DataImport，遗传学，测序，软件，VariantAnnotation
版本	1.15.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	GenomicRanges，rtracklayer，VariantAnnotation，BiocGenerics， r (>= 4.1.0)
进口	为了，Biostrings，stringr，dplyr、方法、rlang，GenomicFeatures，IRanges，S4Vectors，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb
链接
建议	ggplot2，devtools，testthat(> =魅惑,roxygen2，rmarkdown，tidyverse，knitr，ggbio，biovizBase，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	svaNUMT，svaRetro
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)	StructuralVariantAnnotation_1.15.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/StructuralVariantAnnotation
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/StructuralVariantAnnotation
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/StructuralVariantAnnotation/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/StructuralVariantAnnotation/
软件包下载报告	下载数据