这是发展结构弦的版本;对于稳定版本,请参阅结构线。
生物导体版本:开发(3.16)
结构包装实现了广泛使用的点支架注释,用于将基本配对信息存储在结构化RNA中。structStrings使用BioStrings软件包提供的基础架构,并从BSTRING类中得出DotbracketString和相关类。从这些过程中,可以在深度分析中产生基对表。另外,也可以检索基础对的循环指数。为了提高效率,在C中实现了信息转换,并受到Viennarna软件包的启发。
维护者:Felix G.M.ernst
引用(从r内,输入引用(“结构线”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:
if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(decon ='devel')biocmanager :: install(“ structStrings”)的用法
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“结构线”)
html | R脚本 | 结构线 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 结盟,,,,DataImport,,,,datarepresentation,,,,基础设施,,,,测序,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.13.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.9(R-3.6)(3.5岁) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | r(> = 4.0),S4VECTORS(> = 0.27.12),iranges(> = 2.23.9),生物弦(> = 2.57.2) |
进口 | 方法,生物基因,,,,xvector,,,,Stringr,,,,Stringi,,,,蜡笔,grdevices |
链接 | iranges,,,,S4VECTORS |
建议 | 测试,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,Trnascanimport,,,,生物使用 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/felixernst/structstrings |
BugReports | https://github.com/felixernst/structstrings/issues |
取决于我 | tRNA,,,,Trnadbimport |
进口我 | Trnascanimport |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | structStrings_1.13.0.tar.gz |
Windows二进制 | structStrings_1.13.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | structStrings_1.13.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/structstrings |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/结构线 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/Structstrings/ |
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