结构线

doi:10.18129/b9.bioc.structstrings

这是发展结构弦的版本;对于稳定版本,请参阅结构线

使用生物弦的DOT支架注释的实施

生物导体版本:开发(3.16)

结构包装实现了广泛使用的点支架注释,用于将基本配对信息存储在结构化RNA中。structStrings使用BioStrings软件包提供的基础架构,并从BSTRING类中得出DotbracketString和相关类。从这些过程中,可以在深度分析中产生基对表。另外,也可以检索基础对的循环指数。为了提高效率,在C中实现了信息转换,并受到Viennarna软件包的启发。

作者:Felix G.M.恩斯特[aut,cre]

维护者:Felix G.M.ernst

引用(从r内,输入引用(“结构线”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(decon ='devel')biocmanager :: install(“ structStrings”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“结构线”)

html R脚本 结构线
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 结盟,,,,DataImport,,,,datarepresentation,,,,基础设施,,,,测序,,,,测序,,,,软件
版本 1.13.0
在生物导体中 Bioc 3.9(R-3.6)(3.5岁)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 4.0),S4VECTORS(> = 0.27.12),iranges(> = 2.23.9),生物弦(> = 2.57.2)
进口 方法,生物基因,,,,xvector,,,,Stringr,,,,Stringi,,,,蜡笔,grdevices
链接 iranges,,,,S4VECTORS
建议 测试,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,Trnascanimport,,,,生物使用
系统要求
增强
URL https://github.com/felixernst/structstrings
BugReports https://github.com/felixernst/structstrings/issues
取决于我 tRNA,,,,Trnadbimport
进口我 Trnascanimport
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 structStrings_1.13.0.tar.gz
Windows二进制 structStrings_1.13.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) structStrings_1.13.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/structstrings
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/结构线
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/Structstrings/
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