SpotClean
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doi：10.18129/b9.bioc.bioc.spotclean
这是发展SpotClean的版本；要使用它，请安装Devel版本生物导体。
SpotClean调整空间转录组数据中的点交换
生物导体版本：开发（3.16）
SpotClean是一种计算方法，用于调整空间转录组数据中的点交换。最近的空间转录组学实验利用载玻片，其中包含数千个斑点，这些斑点具有结合mRNA的点特异性条形码。理想情况下，在斑点点特异性表达中的唯一分子标识符，但由于从附近的斑点流血，这种情况通常不是这种情况，我们称之为斑点交换。SpotClean能够估计观察到的数据中的污染率并删除点交换效果，从而提高下游分析的灵敏度和精度。
作者：Zijian Ni [AUT，CRE]
，克里斯蒂娜·肯德斯基（Christina Kendziorski）[CTB]
维护者：Zijian Ni
引用（从r内，输入引用（“ Spotclean”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ spotchean”）的用法
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ SpotClean”）
| html | R脚本 | SpotClean |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | DataImport，，，，基因表达，，，，预处理，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，空间，，，，转录组学 |
| 版本 | 0.99.10 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.16（R-4.2） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | R（> = 4.2.0） |
| 进口 | 统计，方法，utils，dplyr，，，，S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，Spatiaxlexperiment，，，，矩阵，，，，RHDF5，，，，GGPLOT2， 网格，readbitMap，，，，rjson，，，，蒂布尔，，，，维里迪斯，grdevices，rcolorbrewer，，，，Seurat，，，，rlang |
| 链接 | |
| 建议 | 测试（> = 2.1.0），尼特，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，r.utils，，，，拼写 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/zijianni/spotclean |
| BugReports | https://github.com/zijianni/spotclean/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | SpotClean_0.99.10.tar.gz |
| Windows二进制 | SpotClean_0.99.10.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | SpotClean_0.99.10.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spotclean |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/spotclean |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/spotclean/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
