SplicingFactory

DOI:10.18129 / B9.bioc.SplicingFactory

这是发展SplicingFactory版本;稳定的发布版本,请参阅SplicingFactory。

剪接转录组数据的多样性分析

Bioconductor版本:发展(3.18)

SplicingFactory R包使用转录水平的表达值根据各种统计分析剪接多样性措施,如香农熵或基尼指数。这些措施可以量化记录同种型多样性之间的样品或条件。此外,该方案分析了同种型多样性数据,寻找条件之间的显著变化。

作者:彼得·a . Szikora (aut),答摩(aut), Endre塞巴斯蒂(aut (cre)

维护人员:Endre塞巴斯蒂< Endre。塞巴斯蒂安在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“SplicingFactory”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SplicingFactory”)

HTML	R脚本	SplicingFactory
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing,DifferentialSplicing,RNASeq,软件,TranscriptomeVariant,转录组
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	SummarizedExperiment、方法、统计数据
链接
建议	testthat、knitr rmarkdown、ggplot2 tidyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/esebesty/SplicingFactory
BugReports	https://github.com/esebesty/SplicingFactory/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SplicingFactory_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	SplicingFactory_1.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SplicingFactory_1.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SplicingFactory
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SplicingFactory
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SplicingFactory/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SplicingFactory/
包下载报告	下载数据