SpliceWiz

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpliceWiz

这是发展SpliceWiz版本;稳定的发布版本,请参阅SpliceWiz。

容易,优化,和准确的可变剪接分析R

Bioconductor版本:发展(3.18)

读和对齐的碎片拼接连接可以用来量化可变剪接事件(ASE)。然而,重叠的ase可以混淆他们的量化。SpliceWiz量化红富士苹果,计算percent-spliced-in使用结读取(PSI),并使用IRFinder-based定量基因内区保留。小说过滤器标识作为由重叠事件相对较少的困惑,即可以计算中具有更高的信心。SpliceWiz是超快的,使用多线程处理的BAM文件。它可以使用一个图形化用户运行或命令行接口。基于gui的交互式可视化的微分红富士苹果,包括小说关于RNA-seq覆盖可视化,简化了短内容RNA-seq分析R。

作者:亚历克斯芽黄黑(cre, aut cph], Ulf施密茨(施),威廉·里奇(cph)

维修工:亚历克斯芽黄黑<。黄在centenary.org.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“SpliceWiz”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SpliceWiz”)

HTML	R脚本	SpliceWiz:快速启动
HTML	R脚本	SpliceWiz:食谱
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing,报道,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GUI,RNASeq,测序,软件,转录组
版本	1.3.2
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0),NxtIRFdata
进口	ompBAM、方法、统计跑龙套、工具、平行,尺度,magrittr, Rcpp(> = 1.0.5)数据。表、置ggplot2,AnnotationHub,BiocFileCache,BiocGenerics,BiocParallel,Biostrings,BSgenome,DelayedArray,DelayedMatrixStats,genefilter,GenomeInfoDb,GenomicRanges,HDF5Arrayhtmltools,IRanges情节、拼凑、pheatmap进步R.utils,rhdf5,rtracklayer,SummarizedExperiment,S4Vectors、闪亮、shinyFiles shinyWidgets、shinydashboard stringi, rhandsontable, DT, grDevices,热图,matrixStats, RColorBrewer,房车
链接	ompBAMRcpp,zlibbioc,RcppProgress
建议	knitr rmarkdown, openssl、蜡笔、样条函数,testthat (> = 3.0.0),DESeq2,limmaDoubleExpSeq,刨边机DBI,GO.db,fgsea,Rsubread
SystemRequirements	GNU c++ 11日
增强了
URL	https://github.com/alexchwong/SpliceWiz
BugReports	https://support.bioconductor.org/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SpliceWiz_1.3.2.tar.gz
Windows二进制	SpliceWiz_1.3.2.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	SpliceWiz_1.3.2.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpliceWiz
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SpliceWiz
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SpliceWiz/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SpliceWiz/
包下载报告	下载数据