SpectralTAD

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpectralTAD

这是发展SpectralTAD版本;稳定的发布版本,请参阅SpectralTAD。

SpectralTAD:分层检测利用谱聚类

Bioconductor版本:发展(3.17)

SpectralTAD R包旨在识别拓扑相关领域(从高c TADs)联系矩阵。它使用一种修改版的谱聚类使用一个滑动窗口快速检测TADs。函数作用于接触矩阵的一系列不同的格式,并返回一个床上文件的坐标。方法不需要用户调整任何参数,给他们工作控制层级的数量被归还。

作者:米哈伊尔Dozmorov (aut (cre),凯伦Cresswell (aut),约翰•史坦斯费尔德(aut)

维修工:米哈伊尔Dozmorov <米哈伊尔。在gmail.com dozmorov >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“SpectralTAD”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SpectralTAD”)

HTML	R脚本	SpectralTAD
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,FeatureExtraction,嗝,测序,软件
版本	1.15.1
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	dplyr,PRIMME,集群,矩阵平行,BiocParallel,magrittr,HiCcompare,GenomicRanges,跑龙套
链接
建议	BiocCheck,BiocManager,BiocStyle,knitr,rmarkdown,微基准测试,testthat,covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dozmorovlab/SpectralTAD
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/SpectralTAD/issues
取决于我
进口我
建议我	TADCompare
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SpectralTAD_1.15.1.tar.gz
Windows二进制	SpectralTAD_1.15.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	SpectralTAD_1.15.1.tgz
macOS二进制(arm64)	SpectralTAD_1.15.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpectralTAD
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SpectralTAD
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SpectralTAD/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SpectralTAD/
包下载报告	下载数据