光谱

DOI:10.18129 / B9.bioc.Spectra

这是发展谱的版本;稳定版请参见光谱．

质谱数据的光谱基础结构

Bioconductor版本:开发(3.16)

光谱包定义了一个高效的基础设施，用于存储和处理质谱和功能，以子集，处理，可视化和比较光谱数据。它提供了不同的实现(后端)来存储质谱数据。它们包括用于快速数据访问和处理的后端，以及用于非常大的数据集的后端，以确保较小的内存占用。

作者:rformassspectra Package Maintainer [cre]， Laurent Gatto [aut]，约翰·雷纳[au]，塞巴斯蒂安·吉布[au]，简·斯坦斯特鲁普[ctb]

维护者:rformassspectrometry.org的rformassspectrometry.org维护者<维护者

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("Spectra")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“光谱”)

超文本标记语言	R脚本	光谱对象的描述和使用
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施，MassSpectrometry，代谢组学，蛋白质组学，软件
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0.0)，S4Vectors，BiocParallel，ProtGenerics(> = 1.25.1)
进口	方法,IRanges，MsCoreUtils(>= 1.7.5)，图形，grDevices，统计，工具，utils，fs，BiocGenerics
链接
建议	testthat，knitr(> = 1.1.0版),msdata(> = 0.19.3),roxygen2，BiocStyle(> = 2.5.19),mzR(> = 2.19.6),rhdf5(> = 2.32.0),rmarkdown，vdiffr(> = 1.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RforMassSpectrometry/Spectra
BugReports	https://github.com/RforMassSpectrometry/Spectra/issues
全靠我	MsBackendMassbank，MsBackendMgf，MsBackendMsp，MsBackendRawFileReader
进口我	CompoundDb，MetaboAnnotation，MobilityTransformR
建议我	MetNet，PSMatch，xcms
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Spectra_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	Spectra_1.7.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Spectra_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Spectra
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Spectra
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Spectra/
软件包下载报告	下载数据