Spatiaxlexperiment

doi：10.18129/b9.bioc.bioc.spatiaxlexperiment

这是发展Spatiaxlexperiment的版本；对于稳定版本，请参阅Spatiaxlexperiment。

S4类用于空间解析的转录组学数据

生物导体版本：开发（3.16）

定义一个用于存储空间分辨转录组学（ST）实验数据的S4类。该类扩展了单链体验，以支持基于点和基于分子的ST平台的存储和检索其他信息，包括空间坐标，图像和图像元数据。包括10倍基因组学visium平台数据的专门构造函数。

作者：Dario Righelli [AUT，CRE]，Davide Risso [AUT]，Helena L. Crowell [AUT]，Lukas M. Weber [AUT]

维护者：dario righelli

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ spatialexperiment”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Spatiaxlexperiment”）

html	R脚本	《时空感染课程》简介
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DataImport，，，，datarepresentation，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，基础设施，，，，Singlecell，，，，软件，，，，空间，，，，转录组学
版本	1.7.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	GPL-3
要看	方法，Singlecellexperiment
进口	rjson，grdevices，魔术，utils，S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，液滴，，，，生物基因，，，，Biocfilecache
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，生物使用，，，，bumpymatrix
系统要求
增强
URL	https://github.com/drighelli/spatialexperiment
BugReports	https://github.com/drighelli/spatialexperiment/issues
取决于我	实验值，，，，Imcrtools，，，，MousegastrulationData，，，，空间Libd，，，，Stexampledata，，，，tenxvisiumdata，，，，vectrapolarisdata
进口我	ggspavis，，，，nnsvg，，，，Singlecellmultimodal，，，，Spatialde，，，，SpotClean，，，，待机
建议我	Geomxtools，，，，聚光灯
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Spatiaxlexperiment_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	spatiaxlexperiment_1.7.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Spatiaxlexperiment_1.7.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatialexperiment
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/spatiaxlexperiment
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/spatialexperiment/
软件包下载报告	下载统计