SpatialCPie

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpatialCPie

这是发展SpatialCPie版本;稳定版请参见SpatialCPie。

空间转录组数据的聚类分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

SpatialCPie是一个R包，旨在促进空间转录组数据的聚类评估，通过提供直观的可视化显示聚类之间的关系，以便在聚类识别和其他下游应用过程中指导用户。该软件包是围绕一个闪亮的“小工具”构建的，允许通过并行多个情节和交互式UI探索数据。用户可以轻松地在不同的群集分辨率之间切换，以选择最合适的视觉线索。

作者:Joseph Bergenstraahle [aut, cre]

维护者:Joseph Bergenstraahle < Joseph。Bergenstrahle在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SpatialCPie")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SpatialCPie”)

超文本标记语言	R脚本	SpatialCPie
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，RNASeq，软件，转录组
版本	1.13.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	色彩(> = 1.3 2),data.table(> = 1.12.2),消化(> = 0.6.21),dplyr(> = 0.7.6),ggforce(> = 0.3.0),ggiraph(> = 0.5.0),ggplot2(> = 3.0.0),ggrepel(>= 0.8.0)，网格(>= 3.5.1)，igraph(> = 1.2.2),lpSolve(>= 5.6.13)，方法(>= 3.5.0)，purrr(> = 0.2.5),readr(> = 1.1.1),rlang(> = 0.2.2),闪亮的(> = 1.1.0版),shinycssloaders(> = 0.2.0),shinyjs(> = 1.0),shinyWidgets(>= 0.4.8)， stats (>= 3.6.0)，SummarizedExperiment(> = 1.10.1),宠物猫(> = 1.4.2),tidyr(> = 0.8.1),tidyselect(>= 0.2.4)，工具(>= 3.6.0)，utils (>= 3.5.0)，zeallot(> = 0.1.0)
链接
建议	BiocStyle(> = 2.8.2),jpeg(> = 0.1 8),knitr(> = 1.20),rmarkdown(> = 1.10),testthat(> = 2.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SpatialCPie_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	SpatialCPie_1.13.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SpatialCPie_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpatialCPie
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SpatialCPie
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SpatialCPie/
软件包下载报告	下载数据