猎犬

DOI:10.18129 / B9.bioc.Spaniel

这是发展版本的猎犬;稳定的发布版本,请参阅猎犬。

空间转录组分析

Bioconductor版本:发展(3.14)

猎犬包含一系列工具来辅助空间转录组数据的质量控制和分析。猎犬可以导入数据从原始空间转录组系统或10 x Visium技术。包包含函数创建一个SingleCellExperiment修对象,并提供了一个方法histologial映像加载到r . spanielPlot函数允许可视化指标包含在S4对象覆盖到组织的形象。

作者:瑞秋女王(aut (cre)

维护人员:瑞秋女王<瑞秋。女王在newcastle.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“猎犬”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“猎犬”)

HTML	R脚本	猎犬10 x Visium
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,报道,DataImport,DataRepresentation,GeneExpression,基础设施,归一化,预处理,质量控制,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组,可视化
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	修拉,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,dplyr、方法、ggplot2,嘘(> = 1.13),食物,igraph,闪亮的,jpeg,magrittr跑龙套,S4Vectors,DropletUtils,jsonlite,png
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,devtools
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Spaniel_1.7.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)	Spaniel_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Spaniel
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/猎犬
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Spaniel/
包下载报告	下载数据