单

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleR

这是发展单一的版本;稳定的发布版本,请参阅单。

Reference-Based单细胞RNA-Seq注释

Bioconductor版本:发展(3.17)

执行公正的细胞类型识别从单细胞RNA序列数据,利用参考转录组数据集的纯细胞类型推断出每个独立单细胞起源的细胞。

作者:Dvir亚兰(aut (cph),亚伦Lun(施,cre),丹尼尔Bunis[所有],贾里德·安德鲁斯(施),Friederike Dundar(施)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(单)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(“单”)

HTML	R脚本	注释scRNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释,分类,聚类,GeneExpression,SingleCell,软件,转录组
版本	魅惑
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	SummarizedExperiment
进口	方法,矩阵,S4Vectors,DelayedArray,DelayedMatrixStats,BiocParallel,BiocSingular,统计,跑龙套,Rcpp,beachmat、并行
链接	Rcpp,beachmat,BiocNeighbors
建议	testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle,BiocGenerics,SingleCellExperiment,天窗,嘘,食物,scRNAseq,ggplot2,pheatmapgrDevices,gridExtra,冬青,celldex
SystemRequirements	c++ 17
增强了
URL	https://github.com/LTLA/SingleR
BugReports	https://support.bioconductor.org/
取决于我	OSCA。先进,OSCA。基本,OSCA。multisample OSCA。工作流,SingleRBook
进口我	singleCellTK
建议我	tidySingleCellExperiment
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SingleR_2.1.0.tar.gz
Windows二进制	SingleR_2.1.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	SingleR_2.1.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SingleR_2.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/单
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SingleR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SingleR/
包下载报告	下载数据