SingleCellExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleCellExperiment

这是发展SingleCellExperiment版本;稳定的发布版本请参见SingleCellExperiment。

单单元格数据的S4类

生物导体版本:开发(3.13)

定义一个S4类用于存储来自单细胞实验的数据。这包括存储和检索峰值信息的专门方法、每个细胞的降维坐标和大小因子，以及基因和库的通常元数据。

作者:Aaron Lun [aut, cph]， Davide Risso [aut, cre, cph]， Keegan Korthauer [ctb]， Kevin Rue-Albrecht [ctb]

维护者:Davide Risso < Risso。大卫。gmail.com >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" singlecellexperment ")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SingleCellExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	1.singlecellexper实验课的介绍
超文本标记语言	R脚本	2.应用在一个singlecellexperexperiment对象上
超文本标记语言	R脚本	3.围绕singlecellexexperiment类进行开发
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,DataRepresentation,ImmunoOncology,基础设施,SingleCell,软件
版本	1.13.14
Bioconductor自	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	SummarizedExperiment
进口	方法,跑龙套,统计数据,S4Vectors,BiocGenerics,GenomicRanges,DelayedArray
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,矩阵,scRNAseq,Rtsne
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	基础知识,后面;,BayesSpace,催化剂,CellBench,CelliD,CellTrails,印度豹,clusterExperiment,cydar,cytomapper,DropletUtils,ExperimentSubset,HCAData,imcdatasets,iSEE,LoomExperiment,桅杆,米娅,MouseGastrulationData,MouseThymusAgeing,mumosa,muscData,scAlign,嘘,scClassifR,scDataviz,scGPS,schex,scPipe,食物,scRNAseq,天窗,singleCellTK,猎犬,SpatialExperiment,飞溅,switchde,TENxBrainData,TENxPBMCData,tidySingleCellExperiment,TMExplorer,TrajectoryUtils,TreeSummarizedExperiment,三轮车,TSCAN,zinbwave
进口我	ADImpute,aggregateBioVar,airpart,bayNorm,BEARscc,ccfindR,celda,CellMixS,ChromSCape,CiteFuse,clustifyr,CoGAPS,conclus,调味品,科拉尔,命运,截然不同的,dittoSeq,逃避,fcoex,GSVA,HCAMatrixBrowser,河马,ILoReg,infercnv,IRISFGM,iSEEu,LineagePulse,mbkmeans,MetaNeighbor,miQC,马斯喀特,Nebulosa,netSmooth,NewWave,peco,phemd,pipeComp,SC3,SCArray,scBFA,scCB2,scDblFinder,scDD,scds,散粒,scmap,scMerge,SCnorm,scp,scpdata,颈背,用水晶球占卜,scTensor,scTGIF,SingleCellMultiModal,激流回旋,弹弓,spatialLIBD,SPsimSeq,tradeSeq,treekoR,伶盗龙,waddR,zellkonverter
建议我	CellaRepertorium,DEsingle,多萝西娅,DuoClustering2018,EWCE,FCBF,鱼池,HDF5Array,InteractiveComplexHeatmap,M3Drop,MOFA2,ontoProc,phenopath,后代,PubScore,QFeatures,scFeatureFilter,scPCA,scRecover,simpleSingleCell,单,TabulaMurisData
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SingleCellExperiment_1.13.14.tar.gz
Windows二进制	SingleCellExperiment_1.13.14.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	SingleCellExperiment_1.13.14.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleCellExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SingleCellExperiment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SingleCellExperiment/
包下载报告	下载数据