SigCheck

DOI:10.18129 / B9.bioc.SigCheck

这是发展SigCheck版本;稳定发布版本请参见SigCheck．

对照随机特征、已知特征和排列数据/元数据检查基因特征的预后性能

Bioconductor版本:开发(3.17)

虽然基因签名经常被用于预测表型(例如预测癌症患者的预后)，但并不总是清楚它们有多理想或有多有意义(参见David Venet、Jacques E. Dumont和Vincent Detours的论文《大多数随机基因表达签名与乳腺癌预后显著相关》)。基于该论文的建议，SigCheck接受一个数据集(作为表达式集)和一个基因签名，并将其在生存和/或分类任务中的表现与a)相同长度的随机基因签名进行比较;B)已知的、相关的和不相关的基因特征;c)排列数据和/或元数据。

作者:罗里·斯塔克<罗里。斯塔克在cruk.cam.ac.uk>而且Justin Norden

维护者:罗里·斯塔克<罗里。斯塔克在cruk.cam.ac.uk>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SigCheck")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SigCheck”)

PDF	R脚本	用SigCheck检查基因表达签名与随机和已知签名的对比
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，GeneExpression，GeneSetEnrichment，软件
版本	2.31.0
在Bioconductor公司	bio 3.0 (R-3.1)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.2.0)，MLInterfaces，Biobase，e1071，BiocParallel，生存
进口	图形，统计，工具，方法
链接
建议	BiocStyle，breastCancerNKI，qusage
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SigCheck_2.31.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/SigCheck
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SigCheck
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SigCheck/
软件包下载报告	下载数据