ShortRead

DOI:10.18129 / B9.bioc.ShortRead

这是发展ShortRead版本;稳定版请参见ShortRead．

FASTQ输入和操作

Bioconductor版本:开发(3.16)

这个包实现了FASTQ文件的采样、迭代和输入。该包包含过滤和修改读取以及生成质量评估报告的功能。数据被表示为dnastringset派生的对象，并且很容易为各种目的进行操作。这个包还包含了对早期单端、无捕获对齐格式的遗留支持。

作者:马丁·摩根，迈克尔·劳伦斯，西蒙·安德斯

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ShortRead")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ShortRead”)

PDF	R脚本	ShortRead简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，质量控制，测序，软件
版本	1.55.0
在Bioconductor	BioC 2.3 (R-2.8)(14年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.23.3),BiocParallel，Biostrings(> = 2.47.6),Rsamtools(> = 1.31.2),GenomicAlignments(> = 1.15.6)
进口	Biobase，S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),GenomicRanges(> = 1.31.8),hwriter、方法、zlibbioc，晶格，latticeExtra
链接	S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings，Rhtslib，zlibbioc
建议	BiocStyle，RUnit，biomaRt，GenomicFeatures，yeastNagalakshmi
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	chipseq，EatonEtAlChIPseq，EDASeq，esATAC，girafe，HTSeqGenie，NestLink，OTUbase，Rqc，segmentSeq，测序，systemPipeR
进口我	amplican，ArrayExpressHTS，basecallQC，击败，CellBarcode，chipseq，ChIPseqR，ChIPsim，dada2，easyRNASeq，FastqCleaner，哥特，icetea，电离，MACPET，诊断，QuasR，R453Plus1Toolbox，RSVSim，颈背，UMI4Cats
建议我	BiocParallel，CSAR，GenomicAlignments，HiCDataLymphoblast，平，Repitools，Rsamtools，S4Vectors，systemPipeRdata，yeastRNASeq
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ShortRead_1.55.0.tar.gz
Windows二进制	ShortRead_1.55.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ShortRead_1.55.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ShortRead
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ShortRead
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ShortRead/
软件包下载报告	下载数据