Seqgate

doi：10.18129/b9.bioc.seqgate

这是发展Seqgate的版本；对于稳定版本，请参阅Seqgate。

过滤低表达的功能

生物导体版本：开发（3.16）

在进行统计分析之前，过滤低表达的特征（例如基因）是一个常见的步骤，但是通常选择任意阈值。Seqgate通过分析复制样本中计数的分析来实现一种合理化此步骤的方法。栅极是阈值，可以将测序特征视为确定的定量。

作者：ChristelleReynès[Aut]，StéphanieRialle[AUT，CRE]

维护者：stéphanierialle

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ seqgate”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ seqgate”）

html	R脚本	seqgate：滤波器低表达的特征
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	差异性，，，，基因表达，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.7.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	GPL（> = 2.0）
要看	S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，基因组机
进口	统计，方法，生物管理器
链接
建议	测试（> = 3.0.0），EDGER，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/srialle/seqgate/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	seqgate_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	seqgate_1.7.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	seqgate_1.7.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqgate
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/seqgate
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqgate/
软件包下载报告	下载统计