SeqGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqGSEA

这是发展SeqGSEA版本;稳定的发布版本,请参阅SeqGSEA。

基因集富集分析(GSEA) RNA-Seq数据:积分微分表达式和拼接

Bioconductor版本:发展(3.18)

包通常提供高通量的基因集富集方法分析RNA-Seq数据通过积分微分表达式和拼接。它使用负二项分布模型读取计算数据,占测序偏见和生物变异。基于排列测试,统计显著性也可以实现对每个基因的微分表达式和拼接,分别。

作者:ξ王<ξ。王在newcastle.edu.au >

维护人员:ξ王<ξ。王在dkfz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“SeqGSEA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SeqGSEA”)

PDF	R脚本	基因集富集分析RNA-Seq SeqGSEA包数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件
版本	1.41.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(10.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	BiobasedoParallel,DESeq2
进口	方法,biomaRt
链接
建议	GenomicRanges
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SeqGSEA_1.41.0.tar.gz
Windows二进制	SeqGSEA_1.41.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SeqGSEA_1.41.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqGSEA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SeqGSEA
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SeqGSEA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SeqGSEA/
包下载报告	下载数据