SeqArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqArray

这是发展SeqArray版本;稳定的发布版本,请参阅SeqArray。

数据管理大规模的全基因组序列变异调用

Bioconductor版本:发展(3.17)

数据管理大规模的全基因组测序变体与成千上万的个人电话:基因型数据(如SNVs, indels调用)和结构变异和注释SeqArray GDS文件存储在一个array-oriented和压缩方式,高效的数据访问使用R编程语言。

作者:Xiuwen郑(aut (cre),斯蒂芬妮Gogarten (aut),大卫·莱文(施),凯茜劳里(施)

维护人员:Xiuwen郑< zhengx u.washington.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“SeqArray”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SeqArray”)

HTML	R脚本	R集成
HTML	R脚本	SeqArray数据格式和访问
HTML		SeqArray概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation,遗传学,基础设施,测序,软件
版本	1.39.2
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(10年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0),gdsfmt(> = 1.31.1)
进口	方法、并行IRanges,GenomicRanges,GenomeInfoDb,Biostrings,S4Vectors
链接	gdsfmt
建议	Biobase,BiocGenerics,BiocParallel,RUnit,Rcpp,SNPRelate,消化,蜡笔,knitr,减价,rmarkdown,Rsamtools,VariantAnnotation
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/zhengxwen/SeqArray
BugReports	https://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues
取决于我	GBScleanR,SAIGEgds,SeqVarTools
进口我	GDSArray,《创世纪》,ggmanh,VariantExperiment
建议我	DelayedDataFrame,HIBAG,VCFArray
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SeqArray_1.39.2.tar.gz
Windows二进制	SeqArray_1.39.2.zip
macOS二进制(x86_64)	SeqArray_1.39.2.tgz
macOS二进制(arm64)	SeqArray_1.39.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqArray
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SeqArray
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SeqArray/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SeqArray/
包下载报告	下载数据