Sconify

DOI:10.18129 / B9.bioc.Sconify

这是发展Sconify版本;稳定版请参见Sconify．

用于执行基于knn的流式和大规模细胞术数据统计的工具包

Bioconductor版本:开发(3.17)

该软件包使用流式细胞仪和流式细胞仪数据进行基于k近邻的统计和可视化。这使得tSNE地图具有“折叠变化”功能，并通过评估预期相同的fcs文件之间的多重重叠来提供数据质量度量。使用此包的其他应用程序还包括imputation，标记冗余，以及测试低维嵌入与原始流形相比的相对信息损失。

作者:泰勒·J·伯恩斯

维护者:Tyler J Burns < Burns。泰勒在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("Sconify")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Sconify”)

超文本标记语言	R脚本	数据质量
超文本标记语言	R脚本	司康饼最后的后期处理步骤
超文本标记语言	R脚本	寻找理想K
超文本标记语言	R脚本	司康饼一般分析
超文本标记语言	R脚本	如何处理FCS文件下游使用R
PDF		参考手册

细节

biocViews	FlowCytometry，ImmunoOncology，MultipleComparison，SingleCell，软件，可视化
版本	1.19.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)
进口	宠物猫，dplyr，模糊神经网络，flowCore，Rtsne，ggplot2，magrittr， utils，统计，readr
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Sconify_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	Sconify_1.19.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	Sconify_1.19.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	Sconify_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Sconify
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Sconify
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Sconify/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Sconify/
软件包下载报告	下载数据