SamSPECTRAL

DOI:10.18129 / B9.bioc.SamSPECTRAL

这是发展SamSPECTRAL版本;稳定版请参见SamSPECTRAL．

在流式细胞仪数据中识别细胞群

Bioconductor版本:开发(3.17)

对大量数据进行采样，使谱聚类成为可能，同时在边权中保留密度信息。更具体地说，给定一个坐标矩阵作为输入，SamSPECTRAL首先构建社区以对数据点进行采样。然后构建图，通过电导计算对边缘进行加权后，将图传递给经典谱聚类算法来寻找谱聚类。SamSPECTRAL的最后一个阶段是光谱簇的合并。由此产生的“连接组件”估计数据中的生物细胞群。有关如何使用这个包、一些插图和简单示例的详细信息，请参阅小插图。

作者:Habil Zare和Parisa Shooshtari

维护者:Habil

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SamSPECTRAL")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SamSPECTRAL”)

PDF	R脚本	一种用于流式细胞术数据聚类的改进谱聚类方法
PDF		参考手册

细节

biocViews	癌症，CellBiology，聚类，FlowCytometry，艾滋病毒，ImmunoOncology，软件，干细胞的
版本	1.53.0
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(13年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.3.3)
进口	方法
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	承认，ddPCRclust
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SamSPECTRAL_1.53.0.tar.gz
Windows二进制	SamSPECTRAL_1.53.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	SamSPECTRAL_1.53.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	SamSPECTRAL_1.53.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SamSPECTRAL
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SamSPECTRAL
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SamSPECTRAL/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SamSPECTRAL/
软件包下载报告	下载数据