STROMA4

DOI:10.18129 / B9.bioc.STROMA4

这是发展STROMA4版本;稳定版请参见STROMA4．

为TNBC患者分配属性

Bioconductor版本:开发(3.17)

该包估计了基因表达数据集中每个患者中TNBC患者中确定的四种基质属性。这些间质属性分配可以结合到患者的亚型中。在三阴性乳腺癌(TNBC)患者中发现了这四种基质特性，并代表了基质中不同细胞的存在:T细胞(T)、B细胞(B)、基质浸润上皮细胞(E)和纤维增生(D)。此外，该包还可用于评估Lehmann亚型的生殖特性，这是一种替代的TNBC亚型方案(PMID: 21633166)。

作者:Sadiq Saleh [aut, cre]， Michael Hallett [aut]

维护者:Sadiq Saleh < Sadiq。Mehdiismailsaleh在mail.mcgill.ca>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("STROMA4")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“STROMA4”)

PDF	R脚本	使用STROMA4包
PDF		参考手册

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，分类，GeneExpression，ImmunoOncology，微阵列，RNASeq，软件
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4)，Biobase，BiocParallel，集群，matrixStats，统计，图形，utils
进口
链接
建议	breastCancerMAINZ
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	STROMA4_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	STROMA4_1.23.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	STROMA4_1.23.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	STROMA4_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/STROMA4
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/STROMA4
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/STROMA4/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/STROMA4/
软件包下载报告	下载数据