斯坦

DOI:10.18129 / B9.bioc.STAN

这是发展斯坦的版本;稳定的发布版本,请参阅斯坦。

国家基因组注释包

Bioconductor版本:发展(3.17)

基因组与隐马尔科夫模型分割已经成为一个有用的工具来注释基因组元素,如启动子和增强子。斯坦(基因组注释)实现(双向)隐马尔可夫模型(摘要)使用各种不同的概率分布,从而模型广泛的当前基因组数据(如连续、离散、二进制文件)。斯坦从头学和基因组注释到给定的基因组的州。的基因组的例如可能反映了不同的genome-associated蛋白复合物(如。“转录状态”)或描述染色质的重复出现的模式特性(称为“染色质状态”)。与其他工具不同的是,斯坦还允许strand-specific的集成(例如RNA)和non-strand-specific数据(例如芯片)。

作者:Benedikt米基罗,茱莉亚Ertl,拉斐尔•Campos-Martin朱利安Gagneur Achim Tresch

维修工:拉斐尔Campos-Martin < mpipz.mpg坎波斯。