SPsimSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.SPsimSeq

这是发展SPsimSeq版本;稳定版请参见SPsimSeq．

半参数模拟工具批量和单细胞RNA测序数据

Bioconductor版本:开发(3.16)

SPsimSeq使用专门设计的指数家族进行密度估计，从给定的真实RNA测序数据(单细胞或批量)构建基因表达水平的分布，然后使用高斯关联函数(Gaussian-copulas)从估计的边缘分布模拟一个新的数据集，以保留基因之间的依赖性。它允许模拟任意所需样本量和库大小的多个组和批次。

作者:Alemu Takele Assefa [aut]， Olivier Thas [ths]， Joris Meys [cre]， Stijn Hawinkel [aut]

维护者:Joris Meys

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SPsimSeq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SPsimSeq”)

超文本标记语言	R脚本	SPsimSeq包手册:批量和单细胞RNA-seq数据的半参数模拟
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNASeq,GeneExpression,RNASeq,测序,SingleCell,软件
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.0)
进口	统计数据、方法SingleCellExperiment,fitdistrplus、图形、刨边机,Hmisc,WGCNA,limma,mvtnorm,phyloseq,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,迷幻药,testthat,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/CenterForStatistics-UGent/SPsimSeq
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SPsimSeq_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	SPsimSeq_1.7.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPsimSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SPsimSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SPsimSeq/
软件包下载报告	下载数据