海绵

DOI:10.18129 / B9.bioc.SPONGE

这是发展版本的海绵;稳定的发布版本,请参阅海绵。

稀疏的部分基因表达的相关性

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包提供了一些方法有效检测竞争力内生RNA两个基因之间的相互作用。这种相互作用是由一个或多个microrna基因和microrna的表达数据,需要大量的样本作为输入。现在的海绵包还包括spongEffects:龙头、模块提供特定的见解microrna的监管环境。

作者:马库斯列表(aut (cre)马库斯•霍夫曼(aut)

维修工:马库斯列表<马库斯。在tum.de列表>

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“海绵”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“海绵”)

HTML	R脚本	海绵装饰图案
HTML	R脚本	spongEffects装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneRegulation,MachineLearning,NetworkInference,RandomForest,回归,软件,SystemsBiology,转录,转录组
版本	1.21.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.6)
进口	Biobase统计数据,ppcor,日志记录,foreach,doRNG,data.table,质量,expm,gRbase,glmnet,igraph,迭代器,tidyverse,脱字符号,dplyr,biomaRt,randomForest,ggridges,cvm,miRBaseConverter,ComplexHeatmap,ggplot2,MetBrewer,rlang,tnet,ggpubr,stringr,tidyr
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown,visNetwork,ggrepel,gridExtra,消化,doParallel,bigmemory
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	miRspongeR
建议我	mirTarRnaSeq
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SPONGE_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	SPONGE_1.21.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SPONGE_1.21.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SPONGE_1.21.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPONGE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/海绵
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SPONGE/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SPONGE/
包下载报告	下载数据