- 家
- Bioconductor 3.17
- 软件包
- SPIA(开发版)
SPIA
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DOI:10.18129 / B9.bioc.SPIA
这是发展SPIA版本;稳定的发布版本,请参阅SPIA。
信号通路影响分析(SPIA)使用途径代表的证据和不寻常的信号干扰
Bioconductor版本:发展(3.17)
这个包实现了信号通路影响分析(SPIA)使用差异表达基因的信息形成一个列表和他们的日志褶皱与信号通路的拓扑变化,为了识别途径最相关条件下的研究。
作者:Adi Laurentiu Tarca < atarca med.wayne.edu >, Purvesh Kathri < Purvesh cs.wayne.edu >和索林Draghici <索林wayne.edu >
维护人员:Adi Laurentiu Tarca < atarca med.wayne.edu >
从内部引用(R,回车引用(“SPIA”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“SPIA”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“SPIA”)
| R脚本 | SPIA | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | GraphAndNetwork,微阵列,软件 |
| 版本 | 2.51.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.4 (r - 2.9)(14年) |
| 许可证 | 文件许可证 |
| 取决于 | R(> = 2.14.0),图形,KEGGgraph |
| 进口 | 图形 |
| 链接 | |
| 建议 | 图,Rgraphviz,hgu133plus2.db |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/btn577v1 |
| 取决于我 | |
| 进口我 | EnrichmentBrowser |
| 建议我 | 石墨,KEGGgraph |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | SPIA_2.51.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SPIA_2.51.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | SPIA_2.51.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | SPIA_2.51.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPIA |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SPIA |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/SPIA/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SPIA/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
