SPIA

DOI:10.18129 / B9.bioc.SPIA

这是发展SPIA版本;稳定的发布版本,请参阅SPIA

信号通路影响分析(SPIA)使用途径代表的证据和不寻常的信号干扰

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包实现了信号通路影响分析(SPIA)使用差异表达基因的信息形成一个列表和他们的日志褶皱与信号通路的拓扑变化,为了识别途径最相关条件下的研究。

作者:Adi Laurentiu Tarca < atarca med.wayne.edu >, Purvesh Kathri < Purvesh cs.wayne.edu >和索林Draghici <索林wayne.edu >

维护人员:Adi Laurentiu Tarca < atarca med.wayne.edu >

从内部引用(R,回车引用(“SPIA”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“SPIA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SPIA”)

PDF R脚本 SPIA
PDF 参考手册
文本 许可证

细节

biocViews GraphAndNetwork,微阵列,软件
版本 2.51.0
Bioconductor自 BioC 2.4 (r - 2.9)(14年)
许可证 文件许可证
取决于 R(> = 2.14.0),图形,KEGGgraph
进口 图形
链接
建议 ,Rgraphviz,hgu133plus2.db
SystemRequirements
增强了
URL http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/btn577v1
取决于我
进口我 EnrichmentBrowser
建议我 石墨,KEGGgraph
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 SPIA_2.51.0.tar.gz
Windows二进制 SPIA_2.51.0.zip
macOS二进制(x86_64) SPIA_2.51.0.tgz
macOS二进制(arm64) SPIA_2.51.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPIA
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SPIA
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/SPIA/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SPIA/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网