SNPRelate

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPRelate

这是发展SNPRelate版本;稳定的发布版本,请参阅SNPRelate。

并行计算工具集亲缘和SNP数据的主成分分析

Bioconductor版本:发展(3.16)

全基因组关联研究(GWAS)被广泛用于研究疾病的遗传基础和特征,但是他们带来了许多计算的挑战。我们开发了一个R包SNPRelate提供二进制格式单核苷酸多态性(SNP)数据在GWAS利用CoreArray基因组数据结构(GDS)数据文件。GDS格式提供了高效的操作与两位专门为整数,SNP只能占领以来两位。SNPRelate也旨在加速两个关键计算SNP数据使用多核并行计算对称多处理计算机体系结构:主成分分析(PCA)和使用Identity-By-Descent亲缘分析措施。苏格兰民族党GDS GWASTools包所使用的格式也在S4的支持类和通用函数。扩展的GDS SeqArray包格式实现支持的存储单核苷酸变异(SNVs),插入/缺失多态性(indel)和全基因组结构变异调用和whole-exome变体数据。

作者:Xiuwen郑(cre, aut cph]凯蒂,斯蒂芬妮Gogarten[所有],劳里(施),布鲁斯堰(施,黑色)

维护人员:Xiuwen郑< zhengx u.washington.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“SNPRelate”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	SNPRelate教程
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文本		新闻

细节

biocViews	遗传学,基础设施,PrincipalComponent,软件,StatisticalMethod
版本	1.31.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(7.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 2.15),gdsfmt(> = 1.8.3)
进口	方法
链接	gdsfmt
建议	平行,矩阵,RUnit,knitr,减价,rmarkdown,质量,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了	SeqArray(> = 1.12.0)
URL	http://github.com/zhengxwen/SNPRelate
BugReports	http://github.com/zhengxwen/SNPRelate/issues
取决于我	SeqSQC
进口我	CNVRanger,GDSArray,《创世纪》,gwasurvivr,VariantExperiment
建议我	GWASTools,HIBAG,SAIGEgds,SeqArray
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SNPRelate_1.31.1.tar.gz
Windows二进制	SNPRelate_1.31.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	SNPRelate_1.31.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SNPRelate
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SNPRelate
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPRelate/
包下载报告	下载数据